در جلسه ای که با حضور اساتید و صاحبنظران حوزه میکروب شناسی و اعضای هیات مدیره انجمن علمی میکروب شناسی ایران در تاریخ 12 دیماه 1398 در محل دفتر انجمن برگزار گردید، پس از بحث و تبادل نظر، محورهای اصلی بیست و یکمین کنگره میکروبشتاسی ایران، مشخص گردید. این کنگره در تاریخ 30-28 مردادماه 1399 در دانشگاه علوم پزشکی تهران برگزار خواهد شد. محورهای این کنگره شامل موارد ذیل خواهد بود:

1-     میکروب­شناسی بالینی (عفونت­های ویژه هر ارگان)

2-     روش­های کنترل و کاهش مقاومت­های دارویی (با محوریت نقش میکروبشناسان در کمیته­های کنترل عفونت و کمیته کنترل و تجویز منطقی آنتی بیوتیک)

3-     روش­های نوین در تشخیص میکروارگانیسم­ها - سیستماتیک مدرن میکروارگانیسم (با محوریت میکروب­های غیر قابل کشت)

4-     میکروبشناسی بالینی و تشخیص آزمایشگاهی (با محوریت جایگاه ویژه میکروب­شناسان در بالین)

5-     درمان­های نوین جایگزین در عفونت­های میکروبی (با محوریت فاژتراپی، گیاهان دارویی و ترکیبات طبیعی ضدمیکروبی)

6-      کنترل کیفی در آزمایشگاه میکروب­شناسی

7-     پیشگیری، کنترل و واکسن؛ چالش­ها و معضلات در ایران

8-     بیماری­های بازپدید و نوپدید

9-     میکروب و سرطان

10- علوم نوین و میکروبیولوژی (با محوریت سیستم بیولوژی، بیوانفورماتیک، بیوتکنولوژی و نانو فناوری پزشکی)

11- مشکلات و چالش­ها در آموزش میکروب شناسی در دانشگاه­های ایران

12- نقش آزمایشگاه های میکروبیولوژی در حوادث و بلایای طبیعی

13- میکروبشناسی آب و پساب

14- کار آفرینی و ارتباط با صنعت در حوزه میکروب شناسی (با محوریت ارائه دستاوردهای شرکت­های دانش بنیان)

15- بیماری­های مشترک بین انسان دام

16-  میکروبیولوژی مواد غذایی (با محوریت پروبیوتیک، پروبیوتیک و میکروبیوتای دستگاه گوارش)