در جلسه ای که با حضور اساتید و صاحبنظران حوزه میکروب شناسی و اعضای هیات مدیره انجمن علمی میکروب شناسی ایران در تاریخ 12 دیماه 1398 در محل دفتر انجمن برگزار گردید، پس از بحث و تبادل نظر، محورهای اصلی بیست و یکمین کنگره میکروبشتاسی ایران، مشخص گردید. این کنگره در تاریخ 30-28 مردادماه 1399 در دانشگاه علوم پزشکی تهران برگزار خواهد شد. محورهای این کنگره شامل موارد ذیل خواهد بود:
1- میکروبشناسی بالینی (عفونتهای ویژه هر ارگان)
2- روشهای کنترل و کاهش مقاومتهای دارویی (با محوریت نقش میکروبشناسان در کمیتههای کنترل عفونت و کمیته کنترل و تجویز منطقی آنتی بیوتیک)
3- روشهای نوین در تشخیص میکروارگانیسمها - سیستماتیک مدرن میکروارگانیسم (با محوریت میکروبهای غیر قابل کشت)
4- میکروبشناسی بالینی و تشخیص آزمایشگاهی (با محوریت جایگاه ویژه میکروبشناسان در بالین)
5- درمانهای نوین جایگزین در عفونتهای میکروبی (با محوریت فاژتراپی، گیاهان دارویی و ترکیبات طبیعی ضدمیکروبی)
6- کنترل کیفی در آزمایشگاه میکروبشناسی
7- پیشگیری، کنترل و واکسن؛ چالشها و معضلات در ایران
8- بیماریهای بازپدید و نوپدید
9- میکروب و سرطان
10- علوم نوین و میکروبیولوژی (با محوریت سیستم بیولوژی، بیوانفورماتیک، بیوتکنولوژی و نانو فناوری پزشکی)
11- مشکلات و چالشها در آموزش میکروب شناسی در دانشگاههای ایران
12- نقش آزمایشگاه های میکروبیولوژی در حوادث و بلایای طبیعی
13- میکروبشناسی آب و پساب
14- کار آفرینی و ارتباط با صنعت در حوزه میکروب شناسی (با محوریت ارائه دستاوردهای شرکتهای دانش بنیان)
15- بیماریهای مشترک بین انسان دام
16- میکروبیولوژی مواد غذایی (با محوریت پروبیوتیک، پروبیوتیک و میکروبیوتای دستگاه گوارش)